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基因分型
PCR可用于检测特定细胞或生物体中等位基因的序列差异。例如,基因敲除和敲入小鼠等生物的基因分型[3]。引物对经设计位于目标区域侧翼,可根据是否存在扩增子及扩增子长度来检测遗传变异。
但是如果为了检测特定核苷酸突变,则必须对扩增的序列进行进一步分析。例如, PCR扩增子测序就是研究单核苷酸变异(SNVs)和单核苷酸多态性(SNP)的方法之一。强烈推荐使用高保真DNA聚合酶,以防止在PCR过程中引入多余的突变。
通过PCR进行基因分型也是对癌1症和遗传病中的 突变进行遗传分析的一个基本方式。
PCR反应特点
灵敏度高:PCR产物的生成量是以指数方式增加的,能将皮克(pg=10-12)量级的起始待测模板扩增到微克(μg=-6)水平。能从100万个细胞中检出一个靶1细胞;在病毒的检测中,防污染探针法定量,PCR的灵敏度可达3个RFU(空斑形成单位);在学中小检出率为3个。
简便、快速:PCR反应用耐高温的Taq DNA聚合酶,一次性地将反应液加好后,即在DNA扩增液和水浴锅上进行变性-退火-延伸反应,一般在2~4 小时完成扩增反应。扩增产物一般用电泳分析,不一定要用同位素,无放1射性污染、易推广。
纯度要求低:不需要分离病毒或及培养细胞,DNA 粗制品及RNA均可作为扩增模板。可直接用临床标本如血液、体腔液、洗嗽液、毛发、细胞、活组织等DNA扩增检测。
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有:必要时重新设计引 物。减低酶量或调换另一来源的酶。降低引物量,适当增加模板量,减少循环次数。适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。
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