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随机引物扩增技术(arbitrary primedPCR, AP- PCR)
AP-PCR技术通过随意设计或选择一个非特异性引物.在PCR反应体系中.首先在不严格条件下使引物与模板中许多序列通过错配而复性。如果在两条单链上相距一定距离有反向复性引物存在,则可经Taq酶的作用使引物延伸而发生DNA部分片段的扩增。经一至数轮不严格条件下的PCR循环后,再于严格条件下进行扩增。扩增的产物经DNA测序凝胶电泳分离后.经放1射性自显影或荧光显示即可得到DNA指纹图。AP-PCR用于肿1瘤的抑制基因、癌基因的分离;菌1种、菌株及不同物种的鉴定;遗传作图;不同分化程度或某些不同状态下的组织的基因表达差异等方面的研究。
差示PCR (differential PCR,反转录预混液, d -PCR)技术
d-PCR可以定量检测标本靶基因的拷贝数。它是将目的基因和一个单拷贝的参照基因置于一个试管中进行PCR扩增。电泳分离后呈两条区带,比较两条区带的丰度,或在引物5°-端标记上放1射性核素后.通过检测两条区带放1射性强度即可测出目的基因的拷贝数。
定量PCR(quantitative PCR, qPCR)技术
qPCR技术是用合成的RNA作为内标来检测PCR扩增目的mRNA的量,涉及目的mRNA和内标用相同的引物共同扩增.但扩增出不同大小片段的产物.可容易地电泳分离。一种内标可用于定量多种不同目的mRNA。qPCR可用 于研究基因表达。能提供特定DNA基因表达水平的变化.在癌1症、代谢紊乱及自身免1疫性疾病的诊断和分析中很有价值。
PCR循环参数
预变性模板DNA完全变性与PCR酶的完全激1活对PCR能否成功至关重要,建议加热时间参考试剂说明书,一般未修饰的Taq酶激1活时间为两分钟。?
变性步骤:循环中一般95℃,30秒足以使各种靶DNA序列完全变性,可能的情况下可缩短该步骤时间。变性时间过长损害酶活性,过短靶序列变性不,易造成扩增失败。?
引物退火:退火温度需要从多方面去决定,一般根据引物的Tm值为参考,根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。退火温度对PCR的特异性有较大影响。
引物延伸:引物延伸一般在72℃进行(Taq酶适温度)。但在扩增长度较短且退火温度较高时,本步骤可省略延伸时间随扩增片段长短而定,一般推荐在1000bp以上,含Pfu及其衍生物的衍生设定为1min/kbp。
循环数:大多数PCR含25-35循环,过多易产生非特异扩增。
后延伸在后一个循环后,反应在72℃维持10-30分钟.使引物延伸完全,并使单链产物退火成双链。
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