质量体系针对的是客户需要，而环境管理体系则针对众多相关方和社会对环境保护的不断发展的需要。通俗地讲，质量体系是为了使客户满意，环境管理体系是为了使相关方和社会满意。“相关方”按照ISO14001的定义是指“关注组织的环境表现（行为）或受其环境表现（行为）影响的个人或团体”，包括客户、供方、股东、员工、政府部门、银行、保险、社会团体、周围机构或社会居民等。因此，ISO14001在管理的对象、范围、须满足要求等方面与ISO9000都有很大的差别。
实施ISO9000的组织都知道，ISO9000标准中质量的概念强调其适用性。以玻璃这种产品为例：公司客户可能规定，玻璃的质量应能够承受佩戴防护服装和头盔、体重为200磅人体的碰撞而不产生裂纹或发生破碎，以作为办公室的客户玻璃；而电影摄制组的道具却要求玻璃在一个9岁男孩或女孩撞入后应破碎为圆状，不会伤害人体的碎粒，以作特技表演用。而ISO14001则会要求玻璃的生产组织对玻璃从原材料采集一直到废弃物置的生命周期全过程中的环境因素进行识别和评价（生命周期评价，LCA），对其中可以控制或可期望施加影响的环境因素进行管理。ISO9000管理的核心是质量特性，而ISO14001管理的核心是环境因素。相应地，实施ISO14001的组织需要及时获得相关的环境法律法规，并作出遵守有关环境法律、法规和其他要求的承诺。
二、如何在ISO9000质量管理体系基础上实施ISO14001
在组织推行ISO14001的实施中，可以在已有质量体系的基础上纳入有关环境管理体系的内容。表二给出了环境管理程序与质量保证程序的可兼容部分，供参考。
有的中小型组织或者污染类型单一、程序轻微的组织在推行ISO14001时，往往由原质量管理者代表同时兼任环境管理者代表，这种做法也是可行的。但要保证该管理者代表有足够的时间和精力投入ISO14001实施。据统计，通常组织在推行环境管理体系时，认证前运行阶段，管理者代表要将100％的时间用于EM S体系贯彻；认证后，管理者代表要将80％的时间用于EM S体系的维护。
在环境管理体系文件编写时，如果一开始感觉没有把握，可以先单独编写环境管理程序，运行成熟后再与现有的管理程序进行合并。当然运行一套程序文件还是两套程序文件只是一种形式，要根据组织的实际情况而定。最关键的是第一线的操作人员的作业指南和作业规范中，能够同时包含质量和环境方面的要求。在两个体系兼容方面做得不好的组织中出现过这种现象：在反应炉前，一个操作人员主张将温度调低至某一温度，他翻开旁边工作台上的一份质量作业指导书，指出上面的依据；而另一个操作人员主张将温度调低至某一温度，他翻开一份环境作业指导书，指出其依据。这个事例说明，如果将两个体系搞成两层皮，会造成多么严重的后果。
在iso9000质量体系方面运行较为成熟的培训、内审、管理评审等职能活动，可以直接在工作程序中加入环境管理体系方面的内容，也可以共用培训计划、内审计划、不符合项报告等表单。但在记录上应对iso14000环境管理体系方面的内容做出适当的标识，避免混淆。
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