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? 全转录组测序? ??

全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和，包括mRNA和各种noncoding RNA。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络，如果只是对某个单一RNA分子的研究，有时并不能准确的发现分子作用机制。而竞争性内源RNA(ceRNA)理论阐述了一种全新的转录调控模式：ceRNA（包括lncRNA、circRNA、mRNA、假基因等）分子能够通过miRNA应答元件（microRNA Respe Element， MRE）竞争性地结合相同的miRNA来调节彼此的表达水平。举个例子：miRNA会导致基因沉默现象发生，而如果lncRNA竞争性结合了miRNA，从而影响了miRNA基因沉默功能实现。

? ? ? ceRNA是目前转录调控领域的热点内容之一，CRISPR-Cas9病毒包装实验，通过全转录组研究能够系统性的阐述ceRNA的分子作用机制。目前对全转录组简便的方法就是构建2个测序文库分别进行测序。标准的生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究内容，靶向调控网络、ceRNA网络、共表达网络分析可以将这几种RNA联合起来分析，从而发现新的调控网络模型。去除rRNA的链特异性文库，含有的RNA信息含量十分丰富，通过测序和生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA的鉴定及注释信息。不过该文库构建时会进行片段化选择从而滤掉了small RNA的信息，所以需要另外再构建一个small RNA文库，进行测序分析后可以得到miRNA和其他small RNA的鉴定及注释信息。全转录组测序方案路线图如下所示：

聚合酶链式反应(PCR)

操作步骤

1.在冰浴中，按以下次序将各成分加入一无菌0.5ml离心管中。

1QPCR buffer

5 μl

dNTP mix( 2mM )

4 μl

引物1(10pM)

μl 2

引物2 ( 10pM)

2μl

Taq酶(2U/ul)

1 μl

DNA模板( 50ng-1μg/μl )

1 μl

加ddH2O至

μl 50

视PCR仪有无热盖，不加或添加石蜡油。

2.调整好反应程序。将上述混合液稍加离心，立即置PCR仪上执行扩增。-般:在93°C

预变性3-5min ，进入循环扩增阶段: 93°C 40s→58°C 30s→72°C 60s ，循环30-35

次，后在72°C保温7min。

3.结束反应， PCR产物放置于4°C待电泳检测或-20°C长期保存。

4. PCR的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油，需用100ul进行抽提反应混合液，以

除去石蜡油;否则，直接取5- 10μl电泳检测。

腺病毒包装原理介绍

腺病毒是一种没有包膜的直径为79-90nm的颗粒，由252个 壳粒呈二十面体排列构成。每个壳粒的直径为7-9nm。衣壳里是线状双链DNA分子，两端各有长约100bp的反向重复序列。人体腺病毒 已知有33种，分别命名为ad1-ad33，研究详细得是ad2.

腺病毒是一种无包膜的球型结构的病毒，遗传物质为线型 双股DNA形式。腺病毒的特点：（1）gan染范围广对人致病性低；（2）对增殖和非增殖细胞均具有gan染性；（3）能有效进行增殖；（ 4）病毒滴度高；（5）不整合到染色体中，无插入致突变性；(6)外源基因装载容量大。由于腺病毒的这些特点使其广泛地应用于体 外基因转导、体内接种yi苗、和基因zhi疗等各个领域。

实验方法

1.获得目的基因序列；

2.构建病毒表达载体质粒；

3.表达载体质粒和包装质粒重组；

4.gan染HEK293，包装出病毒；

5.病毒扩增、浓缩；

6.滴度测定。

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