无菌室一般为4 - 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间(与外间隔离)，专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。所以控菌能力和控菌稳定性是无菌室的核心验收指标。业内通行的验收标准为100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落，但由于持续稳定性难以测试，所以国内工程企业经常出现3年翻新现象，导致性价比缩水;而国际品牌工程，由于普遍按欧美环境指标执行，很难考虑国内建筑材料适应性，所以也经常发生稳定性失常状况。在通行标准之外，还设有自身执行的长期维护、选材指标，净化能力和环境适应力远超国际品牌。

1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。

2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。

3.严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。

4.无菌室应备有工作浓度的消毒液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。

5.无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。

6.需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。

7.工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。

8.无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌30分钟。

9.供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球消毒外表面。

10.每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。

11.吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。

12.接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。

13.带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的消毒桶内消毒，24小时后取出冲洗。

14.凡带有活菌的物品，必须经消毒后，才能在水龙头下冲洗，严禁污染下水道。