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牡丹根系发达，具有多数深根形的肉质主根和侧根。初生根始为白色，渐变为黄色至褐色，肉质白色，个别红色，肉质中心木质化，俗称“木心”。肉质部储有大量养份和水份供植株生长，一般来说，根深的植株枝叶茂盛，植株较，根浅则枝短株型矮。牡丹因品种不同，其根型、数量也不一致，但大体上可分为三类：直根型：此类型的根深（四年生的牡丹根可入土80厘米以上），但根条稀疏，没有明显的主根，仅有几十条粗细均匀的粗“面条根”，湖南油用牡丹，根光滑、皮百，根上分生小根，根（加工后称“”）产量高，质量好。如“凤丹”、“赵粉”、“二乔”、“墨魁”等。这类牡丹多为药用兼观赏两用品种。坡根型：此类根条粗细长短不一，分生侧根较多，交叉生长，油用牡丹籽价格，俗称“鸡爪根”，多数入土较浅，斜坡角度大。如“青山贯雪”、“白玉”、“黄花葵”等品种，此类牡丹产质量、产量低于直根型，不适于药用栽培。中间型：此类根条稀密适中，无明显主根，生有多数粗细均称、根皮光滑的“面条根”，油用牡丹发展前景，平均入土深度在70-80cm，如“种生黑”、“姚黄”等，既可观赏，又可药用。

牡丹是落叶灌木。茎高达2米；分枝短而粗。叶通常为二回三出复叶，偶尔近枝顶的叶为3小叶；顶生小叶宽卵形，长7-8厘米，宽5.5-7厘米，3裂至中部，裂片不裂或2-3浅裂，表面绿色，背面淡绿色，有时具，沿叶脉疏生短柔毛或近，小叶柄长1.2-3厘米；侧生小叶狭卵形或长圆状卵形，长4.5-6.5厘米，宽2.5-4厘米，不等2裂至3浅裂或不裂，近无柄；叶柄长5-11厘米，和叶轴均。

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宋代，牡丹栽培中心由长安移至洛阳，栽培技术更加系统、完善，油用牡丹榨油，对牡丹的研究有了很大的提高，出现了一批理论专著。这其中有欧阳修的《洛阳牡丹记》；周师厚的《洛阳牡丹记》、《洛阳花木记》；张峋的《洛阳花谱》等等。记述了牡丹的栽培管理，其中包括择地、花性、浇灌、留蕾、防虫害、防霜冻以及嫁接、育种等栽培方法，总结出一整套较为完善的成熟经验。欧阳修的《洛阳牡丹记》中载：“种花必择善地，尽去旧土，以细土用蔹末一斤和之“、“白蔹能杀虫，此种花之法也”。《洛阳花木记》中载：“凡栽牡丹不宜太深，深则根不行，而花不发旺，以疮口（根茎交接处）齐土面为好”。由此可以看出，当时对栽培牡丹十分严格，从选地到种植都十分讲究，这也许是洛阳牡丹能够甲天下的原因之一。

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